首先，脂肪酸能影响脑信号的发送。大脑发出的化学信号和电信号都必须通过脑细胞的外膜，而脑细胞膜几乎完全是由脂肪组成的，离子通道就嵌在这些细胞膜中。如果有一个信号要发送，带电的粒子就必须从离子通道经过。在细胞膜内，这些离子通道被折叠成复杂而精巧的形状。离子通道的形状对其功能的发挥起着重要的作用。当离子通道的形状改变时，它们或者能继续让信号流通过，或者停止让信号流通过。而形成离子通道的脂肪成分既能影响它们的形状，又能影响它们的功能。研究表明，在人的大脑中，Ω－3脂肪酸与Ω－6脂肪酸的平衡是十分重要的。
　　其次，脂肪酸可影响神经传递物质血清素的浓度。希伯伦发现，脑脊液中几乎没有Ω－3脂肪酸的人，体内血清素的浓度也低。1999年，不列颠哥伦比亚大学的学者发现，给出生18天的猪崽喂Ω－3脂肪酸含量较高的饲料后，它们脑皮层中血清素的浓度相当于用标准饲料喂养的猪崽的两倍。
　　脂肪酸的摄入可能是影响人脑细胞结构和功能的重要因素。亚麻籽油是Ω－3脂肪酸的很好来源。